مقایسۀ روش‌های گوناگون ارزیابی ژنومیک در صفاتی با معماری ژنتیکی متفاوت
Authors
Abstract:
هدف از انجام تحقیق حاضر،مقایسۀ روش‌های گوناگون آماری در پیش‌بینی ارزشهای اصلاحی ژنومیک برای صفاتی با معماری ژنتیکی متفاوت از‌نظر توزیع تأثیرات ژنی و نیز تعداد متفاوت جایگاههای صفت کمّی (QTLs) با‌استفاده از شبیهسازی کامپیوتری است. بدین منظور، ژنومی حاوی 500 نشانگر تک‌نوکلئوتیدی دوآللی (SNP) روی کروموزومی به طول 100 سانتی‌‌مورگان شبیهسازی، و توزیعهای متفاوت تأثیرات ژنی (یکنواخت، نرمال، و گاما) و نیز سه تعداد QTL (50، 100 و 200) به‌صورت فرضیه‌های شبیهسازی صفت روی آن درنظر گرفته شد. بدین ترتیب نه صفت با معماری ژنتیکی متفاوت ایجاد شد. به‌منظور پیش‌بینی ارزشهای اصلاحی افراد موجود در جمعیتهای مرجع و تأیید، از شش روش بهترین پیش‌بینی نااریب خطی ژنومیک[1] (GBLUP)، رگرسیون ریدج[2] (RRBLUP)، بیز A (BayesA)، بیز B (BayesB)، بیز Cπ (BayesCπ)، و بیز L (BayesL) استفاده گردید. با افزایش فاصلۀ بین نسل مرجع و نسل تأیید ناشی از برهم‌خوردن فاز لینکاژ، صحت ارزشهای اصلاحی ژنومیک در تمام روشها کاهش معنیداری نشان داد (05/0P
similar resources
اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین
Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...
full textاثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین
Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...
full textمقایسه روش های بیزی در ارزیابی ژنومی با معماری متفاوت ژنتیکی
The aim of this study was to compare different methods of Bayesian (parameteric) approaches for predicting genomic breeding values of traits with different genetic architecture in different distribution of gene effects, number of quantitative traits loci, heritability and the number of reference population using simulated data. A genome contained 3 chromosomes, with the length of 100 cM and 10...
full textصحت روش‌های مختلف بیزی در ارزیابی ژنومی صفات آستانه‌ای با معماری ژنتیکی متفاوت
چکیده سابقه و هدف: انتخاب ژنومی که نوعی انتخاب به کمک نشانگرهای ژنتیکی می‌باشد، اثر همه نشانگرهای ژنتیکی پراکنده در سرتاسر ژنوم را به‌طور هم‌زمان برآورد می‌کند. درنتیجه انتخاب ژنومی به‌طور بالقوه توانایی توجیه همه واریانس ژنتیکی صفت را دارد. اساس کار در انتخاب ژنومی عدم تعادل پیوستگی بین نشانگر و جایگاه صفات کمی می‌باشد. با توجه به کمتر مورد توجه قرار گرفتن ارزیابی ژنومی صفات دارای توزیع فنوتیپ...
full textارزیابی ژنومی صفات آستانه ای با معماری های ژنتیکی متفاوت با استفاده از روش‌های بیزی
The current study was carried out to evaluate accuracy of some Bayesian methods for genomic breeding values prediction for threshold traits with different types of genetic architecture based on distribution of gene effect and QTL numbers. A genome consisted of 3 chromosomes of 100 CM with 2000 single nucleotide polymorphisms (SNP) was simulated. The QTL numbers were 0.01, 0.05 and 0.1 of total ...
full textMy Resources
Journal title
volume 15 issue 1
pages 65- 77
publication date 2013-06-22
By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.
Keywords
Hosted on Doprax cloud platform doprax.com
copyright © 2015-2023